Organisasi di FP-UB telah disesuaikan dengan peraturan Pemerintah Nomor 5 tahun 1980, tentang Pokok-pokok Organisasi Universitas/Institut Negeri, yang kemudian disempurnakan sesuai dengan Peraturan Pemerintah Nomor 60 tahun 1999 dan Kep. Mendikbud No. 0284/U/1999 dan Permenristek DIKTI No 4 tahun 2016 tentang Organisasi Tata Kerja (OTK) Universitas Brawijaya serta Peraturan Rektor Universitas Brawijaya nomor 25 tahun 2020 Tentang Susunan Organisasi Dan Tata Kerja.
- FP-UB mempunyai kelengkapan organisasi normatif, yaitu Senat Fakultas yang keanggotaannya terdiri dari Ketua, Sekretaris, Dekan, Wakil Dekan I, Wakil Dekan II, dan Wakil Dekan III, Guru Besar, Ketua Jurusan, dan perwakilan dosen di setiap jurusan. Senat Fakultas Pertanian terdiri dari dua komisi yaitu Komisi A (Bidang Pendidikan) & Komisi B (Bidang Penelitian & Pengabdian Masyarakat). Senat Fakultas dibentuk dengan Surat Keputusan Rektor.
- FP-UB dipimpin oleh seorang Dekan yang bertanggung-jawab langsung kepada Rektor UB. Dekan diangkat oleh Rektor dengan memperhatikan usul dan saran dari Senat FP- UB untuk masa jabatan 4 (empat) tahun dan dapat dipilih kembali untuk masa bakti empat tahun berikutnya. Dekan memiliki tugas meliputi: a) memimpin pelaksanaan dan pengembangan pendidikan di lingkungan Fakultas; b) memimpin pelaksanaan penelitian untuk pengembangan Ilmu Pengetahuan dan Teknologi; c) memimpin pelaksanaan pengabdian kepada masyarakat; d) memimpin pelaksanaan pembinaan sivitas akademika; e) memimpin pelaksanaan urusan tata usaha.
- Dekan di dalam melaksanakan tugasnya dibantu oleh Wakil Dekan, yaitu Wakil Dekan Bidang Akademik, Wakil Dekan Bidang Umum dan Keuangan dan Wakil Dekan Bidang Kemahasiswaan. Wakil Dekan diangkat oleh Rektor dengan mempertimbangkan usul dan saran Dekan serta Senat FP-UB untuk masa jabatan 4 (empat) tahun dan dapat dipilih kembali untuk masa bakti empat tahun berikutnya.
- FP-UB membawahi Jurusan, Program Studi, Program Pasca Sarjana, serta Unit-unit lainnya yang dapat dibentuk sesuai dengan kebutuhan dan perkembangan FP-UB.
- Ketua Jurusan, Sekretaris Jurusan dan Ketua Program Studi diangkat untuk masa jabatan 4 (empat) tahun dan dapat diangkat kembali untuk masa jabatan kedua.
- Pelaksanaan pelayanan administrasi pendidikan FP-UB dipimpin oleh Kepala Bagian Tata Usaha yang bertanggung jawab langsung kepada Dekan.
- Untuk mempersiapkan Sistem Penjaminan Mutu Akademik (SPMA) di tingkat fakultas, maka FP-UB membentuk Gugus Jaminan Mutu (GJM) di tingkat fakultas dan di tingkat Jurusan membentuk Unit Jaminan Mutu (UJM) yang bersifat ad hoc dengan Surat Keputusan Dekan.
- Untuk Koordinasi pelaksanaan Penelitian, Pengabdian Masyarakat dan Kerjasama dilaksanakan oleh BPPM (Badan Penelitian dan Pengabdian Masyarakat), yang bertanggung jawab langsung kepada Dekan.
- FP-UB ditunjang oleh Ikatan Alumni Fakultas Pertanian, UB dalam hal menjalin komunikasi antar alumni dengan Fakultas Pertanian untuk membina dan mengembangkan penalaran, minat dan bakat, bimbingan karir, dan kreativitas mahasiswa dengan anggota sesame alumni.
- BPJB (Badan Pengembangan Jurnal dan Buku) mengelola pengembangan jurnal, buku, seminar nasional dan internasional, prosiding dan pendampingan publikasi ilmiah dosen.
- PSIK (Pengelola Sistem Informasi, Infrastruktur TI, dan Kehumasan) terdiri dari Bidang data dan sistem informasi, Bidang infrastruktur TI, dan Bidang Kehumasan dan Publikasi.
- Komite Etik yaitu komite yang mengurusi aspek etika dalam pelaksanaan kegiatan di fakultas pertanian. Komite ini dibentuk oleh senat Fakultas Pertanian universitas Brawijaya.
- Komite Kurikulum adalah unsur pelaksana akademik di Fakultas di bidang pengkajian dan pengembangan pendidikan yang berada dibawah Fakultas.